A Conferência de Saúde, realizada a cada quatro anos, constitui instância consultiva do SUS, cabendo-lhe subsidiar tecnicamente as decisões do Conselho de Saúde, que possui caráter deliberativo e permanente. 

O repasse regular e automático de recursos do Fundo Nacional de Saúde aos fundos de saúde estaduais e municipais está condicionado à existência de Fundo de Saúde, Conselho de Saúde, Plano de Saúde e Relatório de Gestão, bem como à garantia de contrapartida orçamentária e de comissão de elaboração de plano de cargos, carreiras e salários.

O Conselho de Saúde é órgão de natureza executiva e fiscalizadora, responsável pela deliberação final sobre aplicação de recursos financeiros, cabendo à Secretaria de Saúde operacionalizar as decisões colegiadas.

A Lei nº 8.142/1990 inovou ao estabelecer, pela primeira vez, a descentralização políticoadministrativa do SUS, determinando a autonomia financeira dos municípios no uso dos recursos transferidos pelo Fundo Nacional de Saúde.

A participação social prevista na Lei nº 8.142/1990 ocorre prioritariamente por meio de audiências públicas e consultas diretas à população, independente das instâncias colegiadas obrigatórias decaráter permanente.