O Ministério do Meio Ambiente e Mudança do Clima (MMA), que funciona como órgão superior, tem a função de assessorar o Presidente da República na formulação da política nacional e nas diretrizes governamentais para o meio ambiente e os recursos ambientais.

O Instituto Brasileiro do Meio Ambiente e dos Recursos Naturais Renováveis (IBAMA) é o órgão executor do SISNAMA.

As ações de licenciamento, registro, autorizações, concessões e permissões relacionadas à fauna, à flora, e ao controle ambiental são de competência exclusiva dos órgãos integrantes do SISNAMA.

Compete ao Conselho Nacional do Meio Ambiente (CONAMA), mediante proposta do MMA, estabelecer normas e critérios para o licenciamento de atividades efetiva ou potencialmente poluidoras.

A atuação do SISNAMA efetivar-se-á mediante articulação coordenada dos órgãos e entidades que o constituem, sendo que as normas e padrões para fixar parâmetros de emissão, ejeção e emanação de agentes poluidores, poderão ser emitidas pelos Estados apenas se não houver legislação Federal que tenham os fixado.