A APR para câncer anal difere daquela para câncer retal por exigir margens perianais laterais mais estreitas (conservadoras), visando preservar a pele do períneo. 

Devido à necessária exposição do períneo à radiação, os pacientes estão propensos a uma má cicatrização da ferida, podendo se beneficiar do uso de retalhos de tecido reconstrutivo (como o retalho vertical do reto abdominal).

Em pacientes que já receberam radiação na região inguinal, a dissecção dos linfonodos inguinais é contraindicada em caso de recorrência, devido ao alto risco de complicações. 

A dissecção inguinal por recorrência deve ser obrigatoriamente realizada em conjunto com a APR, mesmo que a doença esteja isolada na região inguinal e o sítio primário esteja controlado.

Ao contrário da cirurgia para câncer retal distal, a APR para câncer de canal anal ou recorrências não deve incluir a incorporação da Excisão Total do Mesorreto (TME).