A coordenação municipal do PNI, representada pelas secretarias municipais de saúde, inclui a definição das vacinas nos calendários e a condução das campanhas de vacinação. 

De acordo com as diretrizes municipais, as vacinas virais atenuadas necessitam mais de uma dose para uma adequada proteção (por exemplo: a vacina contra hepatite B), enquanto as vacinas inativadas geralmente necessitam apenas de uma dose para uma adequada proteção. 

A gestão do sistema de informação do PNI, incluindo a coleta, o processamento e a avaliação da qualidade dos dados provenientes das unidades notificantes é de competência estadual, bem como a transferência dos dados nos prazos e fluxos estabelecidos pelo nível municipal.

A integração entre a equipe da sala de vacinação e as demais equipes de saúde é necessária no sentido de evitar as oportunidades perdidas de vacinação, que se caracterizam pelo fato de o indivíduo ser atendido em outros setores da unidade de saúde sem que seja verificada sua situação vacinal ou haja encaminhamento à sala de vacinação.

A inserção de um novo imunobiológico no PNI e o estabelecimento de novos grupos populacionais são decisões respaldadas em bases políticas e financeiras, tais como: mecanismos de acesso à compra do imunobiológico e ausência de capacidade interna de produção compatível com o atendimento da demanda brasileira.