O cisto nasolabial apresenta-se como um aumento de volume no fundo de vestíbulo superior, geralmente com dor e reabsorção de cortical óssea, assemelhando-se, quanto aos meios de diagnóstico e tratamento, às lesões periapicais inflamatórias. 

O cisto ósseo simples ou cavidade óssea idiopática é uma alteração radiolúcida unilocular de grande significado para endodontia, devido à sua íntima relação com os ápices dos dentes envolvidos, bem como possível relação destes com o seu surgimento. 

As osteoescleroses idiopáticas são radiopacidades focais de origem inflamatória semelhantes à osteíte condensante e a osteomielite crônica esclerosante. Devendo diante disto, precisam de um diagnóstico e tratamento adequados.

A displasia óssea periapical em suas fases iniciais mostra-se como áreas radiolúcidas associadas ao ápice dos dentes envolvidos, muito semelhantes às lesões periapicais inflamatórias. Diante disso, seu diagnóstico diferencial deve ser imediatamente realizado, evitando, assim, tratamentos endodônticos desnecessários.

O cisto periapical lateral é uma variação do cisto periapical inflamatório, caracterizado geralmente por uma imagem radiolúcida multilocular, com íntimo contato com a face lateral dos dentes envolvidos. Devido seu caráter inflamatório, observa-se perda de vitalidade dos dentes, devendo, por esse motivo, receber o mesmo tratamento do cisto periapical inflamatório.