A limpeza e desinfecção do sistema de canais radiculares visam à eliminação de microrganismos, de seus produtos e de tecido pulpar vivo e necrosado. São aplicados em casos de necrose pulpar e retratamento, mediante ação mecânica de instrumentos endodônticos a ação química de soluções solventes, no interior dos canais radiculares e finalizadas pela remoção dos detritos, através de instrumentação e irrigação/aspiração.

As soluções químicas auxiliares de instrumentação apresentam alta tensão superficial, alta viscosidade e propriedade solvente de matéria inorgânica, além de ação antimicrobiana, que é responsável pela desinfecção dos sistemas de canais radiculares em casos de dentes com polpa viva e necrose pulpar.

A ampliação e moldagem de canais radiculares curvos tem se mostrado de difícil execução e seu resultado final deve ser influenciado por fatores como a localização, o valor do raio da curvatura e o comprimento do arco. Porém, fatores como flexibilidade e diâmetro do instrumento endodôntico, tipo de movimento e técnica de instrumentação empregados podem ser desconsiderados, considerando as novas tecnologias empregadas para este fim.

O preparo químico-mecânico é capaz de promover uma limpeza total e eficaz, além de uma correta ampliação e moldagem dos canais radiculares, devido à baixa complexidade anatômica destes e a compreensão das características mecânicas dos instrumentais endodônticos, como forma e dimensões, em relação à geometria do canal.

Durante a realização do preparo químico-mecânico, as etapas mecânica e química devem ser realizadas separadamente e de forma intercalada, para que a ação das substâncias químicas envolvidas no processo sejam completas.