A infecção intrarradicular secundária é causada por microrganismos provenientes da infecção primária, ou resultantes da contaminação causada por quebra da cadeia asséptica durante o tratamento endodôntico, ou, ainda, por perda de selamento coronário.

A infecção intrarradicular primária é causada por microrganismos que colonizam o tecido pulpar necrosado, que apresenta uma microbiota variável de acordo com o tempo de infecção e com o tipo de lesão perirradicular, seja ela aguda ou crônica.

Ainfecção intrarradicular persistente é causada por microorganismos adquiridos durante as fases do tratamento endodôntico, não envolvendo microrganismos presentes na infecção primária. Além disso, mostra-se de fácil diferenciação clínica frente às infecções intrarradiculares secundárias.

O abcesso perirradicular agudo é a forma mais comum de infecção extra-radicular e não apresenta origem ou associação com as infecções intrarradiculares.

A microbiota, infecção intrarradicular secundária, pode variar de acordo com o tipo e o tempo de infecção, sendo resistente à maioria as medicações intracanais usualmente utilizadas.