O programa de auto-inspeção deve ser planejado para detectar qualquer desvio na implementação das BPF e para recomendar as ações corretivas necessárias. 

Todas as reclamações e demais informações referentes a produtos com possíveis desvios da qualidade devem ser cuidadosamente investigadas e registradas de acordo — com procedimentos escritos. A pessoa designada pelo recebimento das reclamações e pelas medidas a serem adotadas, obrigatoriamente deve ser o Responsável Técnico. 

A Garantia da Qualidade deve nomear uma equipe para conduzir a auto-inspeção, formada por profissionais qualificados, especialistas em suas próprias áreas de atuação e familiarizados com as BPF. Os membros da equipe podem ser profissionais da própria empresa ou especialistas externos. 

O pessoal chave inclui os responsáveis por produção, garantia da qualidade, controle de qualidade e o responsável técnico. Os cargos chave devem ser ocupados por pessoas que trabalham em tempo integral.