Durante a rotina em Centrais de Materiais Esterilizados (CMEs) deve ser adotado o seguinte fluxo de trabalho: recebimento, esterilização, descontaminação e distribuição; além disso, utiliza-se um recipiente único para o recebimento de material sujo e devolução e distribuição do material após sua esterilização.

As atividades de recebimento, limpeza, lavagem e separação de materiais são consideradas "limpas", mas devem ser realizadas com paramentação adequada, sendo suficiente a colocação de luvas grossas de borracha.

A esterilização é o processo que visa destruir ou eliminar a maioria dos microrganismos, com exceção de esporos bacterianos. Atualmente, a esterilização em estufas (calor seco) é uma alternativa recomendada por permitir registros confiáveis dos parâmetros físicos do processo, facilitarem a esterilização de instrumentais todos juntos em caixas metálicas e serem de fácil monitoramento. 

A esterilização em autoclave atua pela ação combinada de altas temperaturas, vapor saturado e pressão, o que torna este processo altamente eficiente e indicado. Mesmo assim, tais equipamentos precisam passar por monitoramento periódico de seu funcionamento adequado, sendo recomendada principalmente a realização de monitoramento biológico (teste biológico) que utiliza ampolas com esporos específicos para obtenção dos resultados.