Fungos e certas bactérias desempenham o papel de agentes decompositores nas comunidades biológicas, permitindo que os elementos químicos constituintes da matéria orgânica de cadáveres e de restos orgânicos diversos (urina, fezes, etc.) sejam reaproveitados por outros seres vivos. Certas espécies de fungo vivem em associações harmoniosas com outros organismos, trocando benefícios. Duas associações desse tipo são os liquens e as micorrizas. Os liquens são formados pela associação cooperativa de ascomicetos com algas ou com cianobactérias. As hifas associam-se intimamente às células das algas, das quais extraem substâncias nutritivas. Por sua vez, graças à associação com o fungo, as algas podem viver em ambientes como rochas nuas e troncos de árvores ressecados, em um tipo de relação ecológica chamada de: