O método de coloração dupla mais utilizado é o método de Gram, em que serão utilizadas soluções de cristal violeta e lugol. Quando sofre esse processo, as bactérias se dividem em dois grupos: as que não se descoram e as que se descoram completamente, chamadas Gram positivas e Gram negativas respectivamente.

O exame microscópico do sangue pode ser feito em esfregaço delgado (distendido) ou espesso (gota espessa). A gota espessa é corada pela técnica de Walker (azul de metileno e giemsa) e o esfregaço delgado é corado pelo giemsa, após fixação com álcool metílico. Além do baixo custo, ambas permitem identificar, com facilidade e precisão, a espécie do plasmódio.

A pesquisa de cistos de protozoários nas fezes pode ser feita por meio da coloração de lugol, o que pode não ser um método muito eficaz, uma vez que existem poucos cistos junto às fezes. Essa solução de lugol pode ser produzida pela junção de: iodo, iodeto de potássio e água destilada.

Para a realização de alguns exames, é utilizado o corante giemsa, corante de álcool etílico encontrado no mercado na forma líquida. É um corante extremamente delicado e sensível a temperaturas que não pode ser estocado por muitos dias no laboratório e possui coloração vermelha.

Para o diagnóstico das leishmanioses tegumentares, são usadas amostras biológicas em exames diretos, que após secas e fixadas nas lâminas pelo metanol, serão coradas com giemsa, para a posterior visualização das formas amastigota e promastigota.