Desde o advento do uso de dados moleculares para elaboração de reconstruções filogenéticas, em meados da década de 1990, o entendimento sobre as relações filogenéticas dos seres vivos, particularmente dos invertebrados, passou por grandes transformações. Assim, no consenso atual, entre os termos que ainda podem ser encontrados em literatura, mas não são mais considerados naturais, temos os seguintes: