Um crescente problema no Brasil e no mundo é a tuberculose multidroga-resistente. Os principais medicamentos disponíveis não são tão efetivos nesses casos. A efetividade do tratamento para tuberculose multidroga-resistente com o esquema de primeira linha é de cerca de 50%. O tratamento é mais longo (18 a 24 meses), por não incluir a rifampicina, que permite o tratamento mais curto de: