São aqueles que modificam o clima em microescala, devido ao tipo de cobertura do terreno ou prática agrícola, podendo assim ser modificado pelo homem.

Muitas vezes, a alteração do microclima é necessária para que se possa cultivar uma certa cultura, não apta ao macroclima da região.

Exemplos são os ambientes protegidos (estufas, telados, etc) que tem por finalidade reduzir a incidência de radiação solar sobre as culturas, elevar as temperaturas ou evitar a ação da chuva nas plantas.

O sistema agro-florestal (SAF) é um exemplo, assim como a irrigação que ao fornecer água para a cultura provoca a redução da temperatura e diminuição da umidade.

Apesar dos aspectos favoráveis, a alteração do microclima se não for bem controlada pode levar a efeitos desfavoráveis, como é o que ocorre quando se adensa demasiadamente as culturas ou se irriga com muita frequência. Nessas condições o microclima se torna extremamente favorável à ocorrência de doenças fúngicas e bacterianas.