As águas de classe especial podem ser destinadas ao abastecimento para consumo humano, com filtração e desinfecção, à preservação do equilíbrio natural das comunidades aquáticas e à preservação dos ambientes aquáticos em unidades de conservação de proteção integral.

Nas águas de classe especial, é proibido o lançamento de efluentes ou disposição de resíduos domésticos, agropecuários, de aquicultura, industriais e de quaisquer outras fontes de poluição, mesmo que tratados.

Alguns dos padrões de lançamento estabelecidos são: pH entre 6,0 a 9,0; materiais sedimentáveis de até 1 mL/L; óleos minerais de até 20mg/L e óleos vegetais e gorduras animais de até 50mg/L. 

As águas da classe 3 podem ser destinadas ao abastecimento para consumo humano, após tratamento convencional, à irrigação de culturas arbóreas, cerealíferas e forrageiras, à recreação de contato primário e à harmonia paisagística.