É uma empresa pública, com capital exclusivamente da União e tem personalidade jurídica de direito público.

É uma sociedade de economia mista, com patrimônio próprio, vinculada ao Ministério da Saúde.

É uma empresa pública, com patrimônio da União e dos Entes da Federação, vinculada ao Ministério da Educação.

A EBSERH tem sede e foro em Brasília, e poderá manter representações em outras unidades da Federação, e, por ser empresa pública, não pode ter filiais.

A integralização do capital social será realizada com recursos oriundos de dotações consignadas no orçamento da União, bem como pela incorporação de qualquer espécie de bens e direitos suscetíveis de avaliação em dinheiro.