O Sistema Único de Saúde contará em cada esfera de governo, sem prejuízo das funções do Poder Legislativo, com as instâncias colegiadas da Conferência de Saúde e do Conselho de Saúde.

A Conferência de Saúde reunir-se-á a cada dois anos com representação dos vários segmentos sociais, para avaliar a situação e propor as diretrizes para a formulação da política de saúde nos níveis correspondentes, convocadas pelo Poder Executivo ou, extraordinariamente, por esta ou pelo Conselho de Saúde.

O Conselho de Saúde é órgão colegiado composto por representantes do governo, prestadores de serviço, profissionais de saúde e usuários e atua na formulação de estratégicas e no controle de execução da política de saúde na instância correspondente, inclusive nos aspectos econômicos e financeiros, cujas decisões serão homologadas pelo chefe do poder legalmente constituído em cada esfera do governo.

Para os municípios receberem os recursos do Fundo Nacional de Saúde, não é necessário que o município crie um Conselho de Saúde.

Os recursos do Fundo Nacional de Saúde serão alocados como investimentos previstos no Plano Quinquenal do Ministério da Saúde e deverão ser repassados de forma regular e automática aos municípios.