A fundoplicatura ideal no esôfago de Barrett é a fundoplicatura parcial, uma vez que estes pacientes apresentam grande prevalência de dismotilidade esofágica.

O tratamento cirúrgico da doença do refluxo, em pacientes com esôfago de Barrett, pode estabilizar o epitélio colunar e reduzir o risco de desenvolvimento de adenocarcinoma, porém, o seguimento endoscópico dos pacientes operados deve ser mantido segundo protocolos específicos. 

O tratamento cirúrgico do refluxo gastroesofágico, nos pacientes com esôfago de Barrett, libera esses pacientes do seguimento endoscópico, uma vez que, diminui a inflamação do epitélio e o risco de carcinogênese. 

A pH-metria de 24 horas deve ser realizada em todos os pacientes com esôfago de Barrett para a programação do tratamento adequado.