São espaços permanentes que têm a atribuição de propor, aprovar ou reprovar as diretrizes para a gestão municipal da saúde, além de fiscalizar se o gestor e os prestadores de serviços estão fazendo sua parte para garantir a atenção à saúde e contribuir com a promoção da intersetorialidade entre as diversas políticas sociais como educação, segurança pública, limpeza urbana, entre outras. 

São constituídas paritariamente por representantes do governo estadual, indicados pelo secretário de Estado da Saúde, e dos secretários municipais de Saúde, indicados pelo órgão de representação do conjunto dos municípios do Estado, em geral denominado Conselho de Secretários Municipais de Saúde (Cosems).

É o compromisso dos gestores em torno de prioridades que apresentam impacto sobre a situação de saúde da população brasileira. Estabelece uma agenda de compromissos sanitários, objetivos, indicadores e metas a serem pactuados pela União, estados, Distrito Federal e municípios, respeitando suas especificidades sanitárias.

São instâncias de articulação política entre gestores municipais de Saúde, sendo de extrema importância a participação dos gestores locais nesse espaço.

Atua na direção nacional do SUS, formada por composição paritária de 18 membros, sendo seis indicados pelo Ministério da Saúde, seis pelo Conselho Nacional de Secretários de Saúde (Conass) e seis pelo Conselho Nacional de Secretarias Municipais de Saúde (Conasems).