A palpação da "oliva pilórica", uma massa firme, móvel e indolor no epigástrio ou quadrante superior direito, é patognomônica, sendo melhor percebida logo após o vômito com o estômago vazio e a musculatura abdominal relaxada. 

As ondas peristálticas visíveis (Kussmaul) progridem da esquerda para a direita no epigástrio, mas são um sinal tardio e inespecífico, presente na maioria dos casos de refluxo gastroesofágico grave, não auxiliando no diagnóstico diferencial.

O sinal de Dance (fossa ilíaca direita vazia) é característico da EHP, indicando a migração do piloro hipertrofiado para o hipocôndrio direito e a ausência de gás no ceco.

O exame físico é pouco sensível, sendo a ultrassonografia abdominal mandatória em todos os casos, diagnosticando EHP quando a espessura da camada muscular do piloro é menor que 2 mm e o comprimento do canal pilórico menor que 10 mm.