Para se ter um melhor manejo, o viveiro deve ser dividido em encanteiradores ou canteiros (no solo ou suspensos, em função do método de produção adotado), com uma estrada de serviço ao redor. A largura mais comum para os canteiros é de 1,20 m a 1,50 m, pois permite um trabalho fácil e eficiente do funcionário, em termos de ergonomia. O comprimento os canteiros depende da divisão do viveiro e, quanto mais curtos forem, mais econômica é a operação, no entanto, seu comprimento não deve ser superior a 10 m.

Os viveiros de produção de mudas devem ser inscritos no Registro Nacional de Sementes e Mudas - RENASEM, do Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento (MAPA) - Superintendência Federal de Agricultura (SFA), Divisão Técnica (DT) do Serviço de Fiscalização de Insumos Agropecuários (SEFAG). Para serem inscritos no RENASEM e funcionarem regularmente, os viveiros florestais devem ter um responsável técnico, com formação em Engenharia Florestal ou Agronomia, devidamente registrado no Conselho Regional de Engenharia, Arquitetura e Agronomia-CREA, e também no RENASEM.

A localização do viveiro na face norte deve ser evitada. Isto porque esta localização recebe menos luminosidade e está sujeita a ventos frios. Devem ser evitados vales profundos e estreitos, onde há possibilidade de formação de geadas e de nevoeiros frios, que podem causar danos às plantas. O viveiro deve ser locado em ambientes parcialmente ensolarados.

A escolha do tipo de recipiente a ser utilizado é em função das vantagens na operação (durabilidade e área ocupada no viveiro). Os recipientes mais comuns são os sacos plásticos e os tubetes de polipropileno. Os tubetes apresentam a vantagem de dispensarem grandes investimentos em infraestrutura. Os sacos plásticos apresentam custo operacional muito menor, tanto na produção de mudas quanto no transporte, proporcionando substancial redução no custo final do produto.