Quando exuberante, o processo inflamatório das DII, regido por citocinas circulantes, pode influenciar várias fases da via de coagulação, como na exposição do fator tecidual, com consequente ativação endotelial e da cascata de coagulação, aumentando o risco de trombose  

Em 2008 o American College of Chest Physicians não recomendou a profilaxia antitrombótica em pacientes portadores de DII internados com doenças ativa. Isto foi seguido nos guidelines subsequentes  

As tiopurinas aumentam o efeito da varfarina. Estudos observacionais sugerem que o risco de sangramento durante a anticoagulação plena é maior que o da população geral  

Quando aos pacientes portadores de DII são internados por motivos não relacionados à atividade da doença, não está indicada a profilaxia antitrombótica, visto que esta população não tem maior risco de tromboembolismo vascular quando comparada à população geral  

Pacientes que já apresentaram trombose em momento de atividade de DII, quando em novo surto de atividade inflamatória moderada a grave a anticoagulação deve ser mantida por, no mínimo, dois anos após a remissão da DII (profilaxia secundária)