É uma parte essencial do processamento de materiais, podendo substituir a esterilização. 

Deve ser seguida por enxágue adequado para remover os resíduos químicos que podem interferir na etapa de esterilização e ser prejudiciais aos pacientes e profissionais de saúde.

 A de nível intermediário é capaz de matar a maioria dos vírus, fungos, bactérias e alguns esporos; é usada para desinfetar instrumentos que entram em contato com a pele, mas não com as mucosas ou a pele não intacta. 

A de baixo nível pode matar a maioria das bactérias, alguns vírus e fungos, mas não é eficaz contra esporos e alguns vírus; é usada para desinfetar instrumentos que entram em contato apenas com a pele intacta.

A de alto nível, o mais elevado de desinfecção, pode eliminar todos os micro-organismos, exceto grandes quantidades de esporos bacterianos; é usada para desinfetar instrumentos que entram em contato com as mucosas ou a pele não intacta.