O mecanismo preciso da trombose nos pacientes com autoanticorpos contra a glicoproteína 1 beta2 ligada aos fosfolipídios é conhecido. 

Em uma pequena proporção de pacientes com SAF, ocorre trombose generalizada nos pequenos vasos que irrigam vários órgãos, frequentemente causando defeitos neurológicos. A síndrome é chamada SAF catastrófica (SAFC) e pode ser confundida com a coagulação intravascular disseminada (CID), a trombocitopenia induzida pela heparina (TIH) e a microangiopatia trombótica (MAT). Seu tratamento inclui altas doses de corticoides, anticoagulação, plasmaférese e, algumas vezes, rituximabe, um anticorpo monoclonal anti-CD20, ou eculizumabe, um anticorpo do componente 5 do anticomplemento (C5). 

Exames laboratoriais, começando com o tempo de tromboplastina parcial (PTT). O PTT é feito para pacientes que podem ser submetidos a algum procedimento invasivo ou para aqueles com sangramento ou coagulação sem explicação. Suspeitar a existência de anticoagulante lúpico se o PTT estiver alargado e não for corrigido imediatamente na mistura 1:1 com plasma normal, mas retornar ao nível normal depois do acréscimo de uma quantidade maciça de fosfolipídios.

Heparina, varfarina (exceto em gestantes) e ácido acetilsalicílico são utilizados para profilaxia e tratamento.  

Anticorpos antifosfolipídios no plasma do paciente são medidos diretamente por imunoensaios de anticorpos de IgG e IgM que se ligam aos complexos fosfolipídios/beta2- glicoproteína 1 nas placas de microtiter.