As moléculas do analito são diretamente vaporizadas por um eletrospray acoplado à fonte de MALDI, gerando energia térmica que promove a dessorção das moléculas. Tais moléculas sofrem ionização pela redução da matriz que oxida os analitos.

As moléculas do analito são ionizadas por dessorção do analito co-cristalizado com uma matriz capaz de absorver luz, cuja evaporação é promovida pela sua irradiação por um laser. Tal decomposição transfere as partículas para fase gasosa e o analito é ionizado, tipicamente pela protonação ou deprotonação das moléculas da matriz. 

A ionização do analito ocorre exclusivamente em solução, e a dessorção ocorre por meio da adição de uma matriz sobre a placa de amostras. Uma diferença de potencial elétrico é aplicada na placa, promovendo o incremento da temperatura, gerando a co-cristalização com matriz e formação de íons em fase gasosa.

As moléculas do analito são co-cristalizadas junto a uma matriz orgânica, ionizadas por bombardeamento eletrônico em alta tensão. Tais íons passam para fase gasosa via dessorção e atomização em gotas que são evaporadas.

A ionização do analito decorre do aumento da temperatura das amostras com aquecimento da placa de amostras e consequente dessorção do analito em uma câmara de colisão com gás inerte capaz de induzir a geração de íons.