A direção do SUS é única, sendo exercida pelo Ministério da Saúde, pelas secretarias de saúde dos estados e dos municípios ou órgão equivalente, considerando, respectivamente, o âmbito da União, dos estados, do Distrito Federal e dos municípios.

Aplica-se aos consórcios administrativos intermunicipais o princípio da direção única.

Estão previstas a criação de comissões intersetoriais nos âmbitos nacional, estadual e municipal do SUS, subordinadas aos respectivos conselhos de saúde, integradas pelos ministérios e órgãos competentes e por entidades representativas da sociedade civil. 

No nível municipal, o Sistema Único de Saúde (SUS) poderá organizar-se em distritos de saúde.