Atualmente, o MASC está instalado no edifício do Centro Integrado de Cultura Professor Henrique da Silva Fontes.

Sua primeira sede se deu no prédio da antiga alfândega.

As primeiras obras da coleção inicial do MASC foram obras doadas pelo grupo Sul, por ocasião de uma exposição de arte contemporânea por eles realizada em Florianópolis.

O escritor carioca Marques Rebelo, Flávio de Aquino, Jorge Lacerda e o Grupo Sul foram os idealizadores do MASC, que na época recebeu o nome de Museu de Arte Moderna de Florianópolis – MAMF.