Os sintomas intestinais somente estão presentes nos casos de comprometimento com lesão retal ou do septo retovaginal (endometriose profunda), sendo os mais comuns a dor à evacuação (disquezia), tenesmo e distensão abdominal.

A classificação mais utilizada é a da American Society of Reproductive Medicine que é baseada em dados laparoscópicos, sendo mínima, leve, moderada ou grave.

A tríade clássica de sintomas é composta por infertilidade, dispareunia de profundidade e dismenorréia.  

Foi identificada uma associação positiva da endometriose com consumo de álcool e cafeína.