O Sistema Único de Saúde está organizado a partir de três diretrizes, quais sejam: descentralização, com direção única em cada esfera de governo; universalidade, com prioridade para as atividades preventivas, sem prejuízo dos serviços assistenciais; participação da comunidade.

A assistência à saúde é livre à iniciativa privada, sendo vedadas a destinação de recursos públicos para auxílios ou subvenções às instituições privadas com fins lucrativos e a participação direta ou indireta de empresas ou capitais estrangeiros na assistência à saúde no País, salvo nos casos previstos em lei. 

Compete ao Sistema Único de Saúde, além de outras atribuições, incentivar, em sua área de atuação, o desenvolvimento científico e tecnológico e a inovação; fiscalizar a execução das ações de vigilância sanitária e epidemiológica, bem como, as de saúde do trabalhador; participar da formulação da política de proteção do meio ambiente, nele compreendido o do trabalho.

Compete aos gestores municipais dispor sobre o regime jurídico, o piso salarial profissional, as diretrizes para os Planos de Carreira e a regulamentação das atividades de agente comunitário de saúde e agente de combate às endemias, cabendo à União prestar assistência financeira complementar aos Estados, ao Distrito Federal e aos Municípios, para o cumprimento do referido piso salarial.