A maricultura, ao utilizar exclusivamente fontes de alimento autossuficientes e nativas, elimina a pressão sobre estoques pesqueiros selvagens, contribuindo diretamente para a recuperação de peixes forrageiros.

A prática da carcinicultura é primariamente responsável pela destruição em larga escala de recifes de corais, devido à necessidade de aterrar essas formações para a construção de novos viveiros. 

A principal forma de dano ambiental da maricultura é a introdução intencional de espécies exóticas de algas para controle de pragas, que se tornam invasoras e eliminam populações de peixes nativos em larga escala.

A liberação de efluentes contendo nutrientes dissolvidos e matéria orgânica, provenientes da ração não consumida e das fezes dos organismos cultivados, pode resultar em aumento na demanda de oxigênio na água e na formação de sedimentos anóxicos nas áreas de criação.

O uso generalizado de antibióticos para controle de doenças em cultivos de moluscos e peixes é considerado uma solução ambientalmente sustentável, pois não apresenta efeitos adversos significativos no ecossistema marinho.