A variabilidade da salinidade nos estuários é sempre constante, garantindo que as comunidades planctônicas não sofram alterações significativas com o tempo.

 A circulação estuarina é dominada exclusivamente pela ação do vento, que impede qualquer estratificação de salinidade e promove uma mistura homogênea em todas as profundidades. 

A alta carga de material em suspensão nos estuários promove maior penetração de luz, favorecendo intensamente a fotossíntese do fitoplâncton e, consequentemente, a produtividade primária em toda a coluna d'água.

A circulação estuarina é determinada pelos fluxos de água doce e a influência das marés, resultando em classificações como estuários de cunha-salina, bem misturados ou parcialmente misturados, sendo influenciada também pela força de Coriolis em estuários de maior escala. 

Estuários de cunha-salina são caracterizados por forte mistura vertical de águas e são tipicamente encontrados em regiões com baixa descarga fluvial e alta evaporação.