O chamado turismo na natureza, ou turismo selvagem, modalidade que se notabiliza pelo alto grau de conscientização dos seus praticantes, é regulado pela Secretaria Estadual do Meio Ambiente (SEMA). 

O estado de Mato Grosso tem diferentes ecossistemas, constando, em seu território, três dos mais importantes ecossistemas brasileiros: Mata Atlântica, Pampa e Caatinga. 

Localizado na área de transição do Pantanal para a Amazônia, o município de Nobres apresenta potencial turístico considerável em função da beleza das florestas de araucárias e da cachoeira Santo Belo.

Situada no coração do pantanal mato-grossense, a Princesinha do Paraguai, como é conhecida a cidade de Cárceres, recebe anualmente o tradicional Festival de Inverno, famoso pela mostra competitiva que premia destaques do audiovisual mato-grossense.

Na borda do Planalto Central brasileiro, sobre uma das mais antigas placas geológicas do planeta, o relevo da Chapada dos Guimarães apresenta grandes encostas e escarpas de arenito vermelho que vão de 600 a mais de 850 metros de altitude, formando um complexo rochoso repleto de cânions.