É função da CFT elaborar e atualizar periodicamente a lista de medicamentos da instituição, o Formulário Terapêutico da instituição, assim como instruções e normas para sua aplicação.

Não é competência da CFT processos de validação de protocolos de tratamentos elaborados pelos diferentes serviços clínicos da instituição. 

Os membros executivos e os suplentes integrantes da CFT devem declarar os potenciais conflitos de interesse. Caso se verifique conflito, fica a cargo do próprio membro a decisão de abster ou não da atividade específica.

A composição da CFT é restrita aos farmacêuticos, únicos com autonomia de decisão sobre a composição do acervo de medicamentos.

A composição da CFT é confidencial durante o mandato. Somente ao término da abrangência o profissional poderá solicitar declaração de participação para divulgação no currículo.