Os objetivos dos PCDT são: estabelecer critérios de diagnóstico das doenças; definir o algoritmo de tratamento com os medicamentos e suas respectivas doses adequadas; indicar mecanismos para o monitoramento clínico em relação à efetividade do tratamento e possíveis eventos adversos, bem como criar mecanismos para uma prescrição segura e eficaz, em conformidade com os aspectos éticos e o uso racional de medicamentos.

Os objetivos dos PCDT são expandir a utilização, a incorporação e o uso de novas tecnologias, voltadas ao atendimento de pacientes crônicos que não respondem com sucesso às tecnologias existentes no mercado nacional. 

A elaboração e a publicação de PCDT para as doenças e condições tratadas no âmbito do Componente Básico da Assistência Farmacêutica consolidam o processo de criação, no Brasil, de políticas públicas com foco no mercado varejista de medicamentos. 

Os PCDT constituem um exemplo de diretrizes elaboradas sob óticas diversas e em cujo conteúdo encontram-se interesses alheios, que podem resultar no predomínio do interesse financeiro sobre o científico. 

A elaboração dos PCDT é realizada por especialistas nos respectivos assuntos que conduzem revisão da literatura de maneira estruturada, na qual são enfatizadas a busca de revisões sistemáticas inconclusivas ou que tratam de intervenções ou desfechos irrelevantes.