A equipe responsável pelo armazenamento deve ser capacitada para prover apoio técnico, informações e supervisão às unidades usuárias, auxiliando na adequada estocagem e organização dos medicamentos.

O controle de estoque é uma etapa secundária no armazenamento, pois as atividades principais estão relacionadas apenas à estocagem e à conservação dos medicamentos.

O armazenamento deve garantir condições adequadas de estocagem, considerando parâmetros como segurança, conservação e organização, de forma a preservar a qualidade dos medicamentos até seu fornecimento ao usuário final. 

As Centrais de Abastecimento Farmacêutico (CAF) são responsáveis por centralizar o armazenamento de medicamentos e, sempre que possível, devem preparar os medicamentos para uso final, incluindo atividades como fracionamento e rotulagem.