A vacina BCG, por conter bactéria viva, não deve ser aplicada.

A vacina para hepatite B deve ser aplicada preferencialmente nas primeiras 12 horas de vida, devendo ser dosado o anti-HBs das crianças comprovadamente infectadas pelo HIV 30 a 60 dias após a última dose do esquema básico.

Em crianças não vacinadas para hepatite anteriormente, fazer esquema de quatro doses, utilizando a vacina monovalente com dose normal, no esquema de 0, 2, 6 e 12 meses. 

Vacina contra influenza deve ser aplicada a partir dos 6 meses de idade. Crianças com menos de 9 anos de idade, ao receberem a vacina pela primeira vez, requerem dose triplicada.

Vacina tríplice viral está indicada para crianças expostas ao HIV ou infectadas assintomáticas, sem necessidade de dosagem do LT-CD4+.