A maior parte dos sólidos do efluente tratado das lagoas facultativas é composta por bactérias. 

As lagoas facultativas podem receber diretamente o esgoto bruto — sendo chamadas de primárias — ou ser precedidas de outras unidades de tratamento, como lagoa anaeróbia ou reator anaeróbio de fluxo ascendente e manta de lodo — caso em que são chamadas de lagoas facultativas secundárias. 

Uma lagoa facultativa pode acumular lodo por anos, se operada em carga normal, no entanto todo esse lodo acumulado, quando for removido do fundo da lagoa, ainda deverá passar por processos de desaguamento e estabilização. 

Dado o comprimento das lagoas facultativas, geralmente muito superior à sua largura, o regime hidráulico teórico que mais se aproxima da realidade dessas lagoas é o de fluxo em pistão, em que a dispersão longitudinal é teoricamente nula, ou seja, as partículas do líquido entram continuamente em um lado da lagoa, passam através dela e saem no lado oposto, na mesma sequência em que entraram.  

Quanto maiores forem a temperatura ambiente e a insolação da região onde a lagoa está ou será implantada, menor será a taxa de aplicação superficial (carga orgânica por unidade de área) que ela poderá receber.