A presença de incompatibilidades de HLA também afeta adversamente os resultados do TCTH de doadores não aparentados para doenças não malignas. Entretanto, as incompatibilidades HLA não estão associadas à falha de enxertia.

Na seleção de sangue de cordão umbilical, recomenda-se que um segmento da bolsa de sangue de cordão seja utilizado para tipagem de alta resolução HLA-A, -B, -C, -DRB1, -DQB1 e -DPB1.

Mismatches de alto risco não permissivos são aqueles associados com excessiva alorreatividade da célula B.

A seleção do doador envolve preferencialmente histocompatibilidade HLA 8/8 para os loci HLA-A, -B, -C e -DRB1. Sendo facultativa a tipagem confirmatória em nova amostra. 

Na seleção de doadores alternativos, recomenda-se a busca de anticorpos anti-HLA e a análise para identificação de anticorpos doador-específicos para minimizar o risco de falha do enxerto, inclusive quando o doador é HLA genotipicamente idêntico incluindo locus HLA-DPB1 (HLA 12/12).