A PEEP intrínseca aumenta a pressão intratorácica média, que compromete o retorno venoso e pode aumentar o Débito Cardíaco (DC).

A hiperinsuflação que produz a PEEP intrínseca em pacientes com obstrução grave ao fluxo de ar pode aumentar o trabalho respiratório quando a região da respiração corrente se move para a porção superior achatada da curva de pressão-volume.

A PEEP intrínseca aumenta a pressão alveolar ao final da inspiração, o que aumenta o risco de volutrauma e ruptura alveolar.

Quando a PEEP intrínseca passa despercebida, o aumento na pressão alveolar ao final da inspiração (pressão de platô) é interpretada erroneamente como uma redução na complacência dos pulmões e da parede torácica. Quando a complacência torácica é calculada, o nível total da PEEP (PEEP aplicada mais PEEP intrínseca) deve ser subtraído da pressão alveolar ao final da inspiração (platô). 

A PEEP intrínseca pode ser transmitida para dentro da Veia Cava Superior (VCS), resultando na impressão equivocada de que a pressão diastólica final (transmural) tenha aumentado.