A poluição do aquífero, causada por proteção inadequada contra descargas antropogênicas, pode contaminá-lo principalmente com ferro solúvel e fluoreto e, por vezes, sulfato de magnésio, arsênico, manganês, selênio e outras espécies inorgânicas. 

A contaminação de poços, causada por construção inadequada, acarreta a entrada de contaminantes como ferro solúvel, cloreto de sódio e outras espécies inorgânicas.

A intrusão salina apresenta como contaminante principalmente cloreto de sódio, mas também pode apresentar contaminantes antropogênicos.

A contaminação natural é aquela causada por água subterrânea salina e, algumas vezes, água contaminada induzida a fluir no aquífero de água doce como resultado de extração excessiva de água.

A contaminação dos poços apresenta como contaminantes sobretudo nitrato, boro, arsênico, metais pesados, hidrocarbonetos aromáticos e halogenados.