Os problemas ambientais do uso de adubo nitrogenado são eutrofização de lagos e rios e consumo d’água com elevada concentração de nitrato.

Nitrificação é o termo usado para descrever a primeira etapa do processo de remoção biológica de nitrogênio, em que a amônia é reduzida a nitrito e o nitrito é reduzido a nitrato. 

A desnitrificação ocorre em condições anaeróbicas, fazendo com que o nitrato se transforme em N₂ ou outros gases nitrosos que são liberados na atmosfera.

É o único elemento que pode ser absorvido na forma de cátions ou ânions, sendo a aniônica a forma mais absorvida pelas principais culturas. 

Solos argilosos possuem menor capacidade de retenção de nitrogênio, principalmente na forma de NO₃ - , forma em que ele também é absorvido, enquanto a forma NH₄ + é a mais facilmente lixiviada, visto que em geral a carga que predomina no solo é a negativa.