O Programa Saúde na Escola (PSE), instituído pelo Decreto Presidencial nº 8.287, de 5 de dezembro de 2009, visa à articulação das redes públicas de Saúde e de Educação para a atenção integral à saúde de crianças, adolescentes e jovens do ensino público e creches conveniadas à gestão nacional. 

As ações preconizadas pelo PSE voltadas aos estudantes, que devem ser realizadas de forma desarticulada entre as equipes de atenção básica e as equipes de educação das escolas. Estas ações incluem a avaliação das condições de saúde dos estudantes (como Avaliação da Saúde Bucal, Avaliação da Saúde Ocular, Verificação da Situação Vacinal).

O PSE prevê ainda a realização de atividades de educação permanente junto aos profissionais de saúde e educação.

A transferência de recurso financeiro pelo Ministério da Saúde aos municípios com adesão ao PSE é feita fundo a fundo na modalidade PAB Fixo, compondo o bloco de financiamento da atenção básica, e considera o número de educandos e a cobertura das equipes de atenção básica.

A adesão ao PSE é realizada por ciclos, e está condicionada à assinatura conjunta dos Secretários Municipais de Saúde e de Educação, de um Termo de Compromisso Nacional, em período específico estabelecido pelo Ministério da Saúde. No Termo de Compromisso, os gestores municipais se comprometem com um conjunto de metas de cobertura de educandos beneficiados pelas ações do PSE, e vinculam as equipes de atenção básica com as escolas do seu território de responsabilidade.