As anomalias de primeiro arco branquial são classificadas em tipo 1 e 2, sendo que a do tipo 1 está relacionada à duplicação do canal auditivo externo.

As anomalias do segundo arco branquial fazem diagnóstico diferencial com as metástases císticas em linfonodos cervicais do nível II, em adultos jovens.

As anomalias do terceiro arco branquial encontram-se profundamente à artéria carótida interna e se comunicam com a fossa tonsilar. 

As anomalias do quarto arco são dependentes do lado: à direita, situam-se profundamente à artéria subclávia, enquanto, à esquerda, cursam sob o arco aórtico e podem comunicar com o seio piriforme.

A avaliação das anomalias da fenda branquial geralmente requer tomografia computadorizada e ultrassom (US). A US mostra a estrutura do cisto e permite aspiração e drenagem se for necessário. A tomografia computadorizada com contraste mostra as relações anatômicas no pescoço, incluindo a artéria carótida.