Dentre os indicadores baseados no animal, o indicador ligado a produção leva em consideração a média dos animais. Uma queda na produção não é um indicador de baixo grau de bem-estar, pois os animais possuem um desempenho genético garantido

Dentre os indicadores baseados no animal, o indicador ligado à saúde dos animais é importante por levar em consideração doenças multifatoriais, como diarreias pós-desmame ou doenças respiratórias. Outras observações como a mortalidade, lesões causadas pelo manejo, o ambiente e brigas são outros exemplos ligados a saúde dos animais 

Dentre os indicadores baseados no animal, o indicador de comportamento diz respeito as mudanças comportamentais do animal em resposta ao estresse. A estereotipia mais observada entre animais estressados é a exploração do meio, enquanto que o movimento de mastigação continuo, mesmo sem alimento é comportamento normal de suínos

Dentre os indicadores baseados no animal, o indicador fisiológico diz respeito a concentração de oxitocina no plasma sanguíneo, na saliva, urina ou fezes. Não é um indicador frequentemente utilizado para mensurar o bem-estar dos animais, por conta da dificuldade de se obter os dados