A endocardite que acomete as valvas naturais, porém previamente anormais ou lesadas, é mais comumente causada pelo Streptococcus viridans, que é parte normal da flora da cavidade oral.

No acometimento valvar, a valva aórtica e a valva mitral expressarão as alterações anatômicas por meio de sopros aspirativos, presentes em até 35% dos pacientes, pois o sopro aspirativo aórtico (configuração crescente) ocorre durante a sístole, portanto, entre B1 e B2.

A endocardite infecciosa acomete mais comumente a valva tricúspide (40%) e a mitral (34%), e, em seguida, as outras valvas.

Staphilococcus epidermidis é o principal agente infectante encontrado entre os indivíduos com EI usuários de drogas ilícitas injetáveis.

O grupo HACEK de bacilos Gram-negativos, que pode ser responsável pela endocardite aguda, consiste em Haemophilus spp, Aggregatibacter, Cardiobacterium hominis, Eikenella corrodens e Klebsiella pneumoniae.