Todo Conselho de Saúde deve possuir um Plenário, uma Presidência, uma Mesa Diretora e uma Secretaria Executiva.

Os Conselhos devem analisar, discutir e aprovar o relatório de gestão, com a prestação de contas e informações financeiras, repassadas em tempo hábil aos conselheiros, acompanhado do devido assessoramento. 

O Conselho de Saúde tem autonomia para definir o seu número de conselheiros, mas recomenda-se que seja um múltiplo de três.

O Conselho de Saúde e o Poder Legislativo local devem aprovar o Plano Plurianual (PPA), a Lei de Diretrizes Orçamentárias (LDO) e a Lei Orçamentária Anual para que os municípios sejam contemplados com as transferências fundo a fundo.

O Conselho de Saúde poderá formar uma comissão fiscal para analisar o Relatório de Gestão. Poderá, também, convocar técnicos do setor de planejamento para prestarem esclarecimentos.