A eutrofização é um dos estados da sucessão natural dos ecossistemas aquáticos. À medida que o tempo passa e os nutrientes vão se acumulando, havendo um desenvolvimento cada vez maior das populações de fitoplâncton, observa-se com frequência o florescimento de algas. 

Quando acontece naturalmente, a eutrofização é gradual e muito lenta. Entretanto, quando este processo é acelerado, há um aumento desordenado na produção de biomassa, impossibilitando a sua incorporação pelo sistema aquático com a mesma velocidade e provocando, assim, um desequilíbrio ecológico. Nesse caso, o processo é chamado de eutrofização secundária

A eutrofização provoca a anoxia, que é a ausência de oxigênio dissolvido, que causa a morte de peixes e de invertebrados e, também, resulta na liberação de gases tóxicos com odores desagradáveis. 

A eutrofização compromete e prejudica o tratamento da água, aumentando os custos para o seu tratamento. 

A eutrofização, dentre outros fatores, compromete a qualidade das águas devido à toxicidade de algas, ou seja, à produção de substâncias nocivas por algumas espécies de cianofíceas.