A primeira grande medida tomada por D. João VI, assim que chegou ao Brasil, foi promover a abertura dos portos brasileiros para os países parceiros de Portugal, ou seja, França, Espanha, Holanda, Inglaterra e Alemanha. Com essa medida, Portugal colocava fim ao exclusivo colonial e dava permissão aos comerciantes e grandes proprietários brasileiros para comercializar seus produtos.

Ao chegar ao Brasil, D. João VI revogou o decreto que proibia a instalação de manufaturas no país e incentivou a importação de matérias-primas utilizadas nessa produção. Além disso, o rei autorizou a construção de faculdades de medicina e de museus e bibliotecas na cidade do Rio de Janeiro. Essas medidas possibilitaram um grande desenvolvimento intelectual na colônia.

No Brasil, D. João VI permitiu a criação de tipografias, com isso, houve o surgimento dos primeiros jornais, como A Gazeta do Rio de Janeiro, primeiro jornal fundado no Brasil. As publicações da imprensa, no entanto, sofriam censura, e notícias contra o governo e contra o catolicismo não eram permitidas.

A transferência da corte para o Brasil gerou insatisfação em muitos colonos. A presença de milhares de pessoas da aristocracia portuguesa causou descontentamento entre parte desses colonos, principalmente porque D. João VI passou a distribuir cargos e privilégios para aristocratas portugueses em detrimento das elites locais. Além disso, para financiar os altos gastos da corte portuguesa, o rei impôs uma política de aumento de impostos, o que desagradou a todos na colônia. 

Durante o período em que D. João VI estava no Brasil, em Pernambuco, as elites locais, insatisfeitas com a crise econômica, a alta de impostos, a distribuição de privilégios para portugueses e influenciadas pelos ideais iluministas, iniciaram um movimento de caráter separatista e republicano, que controlou a região de março a maio de 1817. Esse movimento, conhecido como Revolução Pernambucana, foi intensamente reprimido, e parte de seus líderes foi morta e martirizada como exemplo.