Tendo em vista a frequência com que doenças clínicas (como disfunções de tireóide e adrenocorticais, uremia, câncer, doenças neurológicas) podem causam sintomas psiquiátricos, a investigação delas deve fazer parte da avaliação psiquiátrica inicial, especialmente em pacientes deprimidos.

Síndromes de dor crônica, como cefaleia e lombalgia, estão tão confundidas com as síndromes depressivas que o tratamento com antidepressivos é frequentemente indicado como primeira opção, sendo efetivo.

Algumas condições clínicas podem mimetizar o transtorno de pânico, como hipertireoidismo, cafeinismo, hipoglicemia, epilepsia de lobo temporal e feocromocitoma.

No feocromocitoma, a ansiedade é apenas o quarto sintoma mais comum e a experiência de taquicardia e aumento da pressão arterial pode não causar medo.

O uso de ECT no tratamento da depressão pós AVC não é recomendado quando está presente prejuízo cognitivo.