Nas versões mais recentes da árvore da vida, os fungos emergem como grupo irmão do clado que contém todas as plantas, reforçando sua proximidade.

Todas os organismos incluídos historicamente no grupo das algas estão atualmente posicionados no clado Archaeplastida, juntamente com as plantas.

Os resultados das análises filogenéticas indicam que o reino Protista não é monofilético, sendo que grupos de protistas constituem linhagens independentes.

As versões mais recentes da árvore da vida permitem a divisão de todos os seres vivos em três dos grandes reinos historicamente definidos.

Considerando a divisão dos organismos em grandes domínios, os seres vivos, outrora posicionados em Animalia, são parte do clado Excavata.